臺北學大學體系為照顧員工退休生活，提供教職員工更具彈性的退休金規劃工具，於2007年首度推動福利基金制度。本制度透過每月共同儲蓄的方式，讓學校和員工一起存退休金，經年累月持續的小額儲蓄，使員工退休後能有一筆資金作運用，保障退休生活品質。
與廠商合作的福利基金方案，凡為本校編制內教職員工，可依據個人意願加入福利基金制度，凡參加一單位，在職期間每月自薪資提撥1,250元，學校亦相對補助1,250元，參加年資期滿，即可領取個人提撥及學校補助費用（含孳息）。本制度上線至今已施行16年，亦為員工間口耳相傳，相當有感的福利制度。
【圖：校院均舉辦退撫金福利的說明會，獲得同仁廣大的回響】
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2023年3月起，為提升北醫體系員工福利措施，全面提升該項福利基金制度。學校方面，進行福利基金參加單位數調升，由每人原可參加兩單位（1,250元*2），調升至可參加三單位（1,250*3）。附屬醫院方面，納入編制內專職員工適用本制度，將本福利制度延伸至北醫附設醫院、萬芳醫院、雙和醫院、新國民醫院四家附屬醫院，讓附屬醫院員工亦能享有福利基金制度，保障退休生活。考量四家醫院皆為首次推行制度，現行以員工參加一單位，醫院相對補助一單位為主，未來再視整體狀況做漸進式調整。
人才為北醫體系重要的資產，北醫重視每一位員工，除福利基金制度以外，亦提供多元福利制度及措施，如：員工心理諮商、員工健康檢查、公費團體保險、互助金制度、員工旅遊補助、設置福委會辦理福利相關活動、附屬醫院員工及眷屬就醫優待、教職員工子女獎學金、托育補助等，以照顧員工的身心靈，以及人生各個階段。
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